Structure biomoléculaire et analyse de carbohydrates

G. Predelus, B. Schindler et I. Compagnon

 

 

Nous développons des méthodes dédiées à la caractérisation structurelle de biomolécules, basées sur le couplage de la spectrométrie de masse et de la spectroscopie vibrationnelle IRMPD (InfraRed Multiple Photon Dissociation). Nous nous intéressons en particulier à la structure de saccharides sulfatés. Notre dispositif sert également de plateforme de spectroscopie vibrationnelle ouverte aux utilisateurs externes, en complément de l'accueil sur les plateformes des lasers à électrons libres FELIX et CLIO et via le réseau international de Glycophysique coordonné par I. Compagnon.

 

 

1) Equipement

Spectrométrie de masse: piègeage d’ions 3D (LCQ thermofinnigan) couplé à une source d’ionisation ESI. Spectroscopie: système OPO-OPA IR accordable pompé par YAG (LaserVision 10mJ/pulse, 10 Hz, 2800-3800 cm-1)


Le couplage développé à Lyon permet d’obtenir l’empreinte vibrationnelle d’ions sélectionnés en masse dans la gamme des vibrations OH, NH et CH. La flexibilité et la sensibilité de notre système en font un instrument unique au monde permettant d’accéder à la spectroscopie de tous types d’ions (protonés, déprotonés, complexes cationisés ...) en un temps optimal (typiquement 30 à 60 minutes). Nous développons les outils théoriques appropriés à l’analyse de spectres vibrationnels au-delà de l’approximation harmonique en collaboration avec l’équipe de physico-chimie théorique de l’institut.

 

 

2) Structure de saccharides sulfatés

Un grand nombre d’interactions cellulaires font intervenir des sucres sulfatés, et sont modulées par leur motif de sulfatation. La spectrométrie de masse est souvent insuffisante pour distinguer des isomères différant uniquement par la position des modifications fonctionnelles. Avec la spectroscopie vibrationnelle, il est possible d’obtenir une résolution structurelle à l’échelle atomistique, permettant ainsi de lever l’ambiguïté sur les isomères de position.

 

Anharmonic simulations of the vibrational spectrum of sulfated compounds: application to the glycosaminoglycan fragment glucosamine 6-sulfate
Phys. Chem. Chem. Phys., 2015,17, 25705-25713
Distinguishing isobaric phosphated and sulfated carbohydrates by coupling of mass spectrometry with gas phase vibrational spectroscopy
Phys. Chem. Chem. Phys., 2014,16, 22131-22138

 

 

3) Utilisateurs externes

Nous proposons du temps de machine pour accueillir des utilisateurs externes. Nous accueillons des projets aussi variés que la caractérisation structurelle de modifications fonctionnelles post-traductionnelles (Ass. Prof. Nick Polfer / Univ. Florida / US), les mécanismes d’hydrolyse de l’ATP (Ass. Prof. Anouk Rijs / Univ. Radboud Nijmegen / US), la complexation de systèmes ARN-métal (Prof. Mary Rodgers / Wayne State Univ / US), les interactions carbohydrate-peptide (Dr. Pierre Çarçabal / Univ. Orsay / FR)

 

 

Insights into the fragmentation pathways of gas-phase protonated sulfoserine. 
Int. J. of Mass Spectrom. 2015, 379, Pages 26–32

 

 

Financements & distinctions

Scroll To Top